Los aceites esenciales de esta planta posee propiedades de emenagogo siendo útil en casos de amenorrea, sin embargo, su consumo por mujeres embarazadas puede estimular hemorragias uterinas que podrían desencadenar un aborto. Debido a esto no se recomienda el consumo de ruda a las mujeres que se encuentren embarazadas.
Existen sustancias dentro de la ruda que son fototóxicas, lo cual quiere decir que reaccionan con la luz. Esto puede ocasionar irritación en la piel, heridas y dermatitis, si es que se manipula sin precauciones (guantes por ejemplo) al sol.
El consumo en exceso de ruda puede dañar el aparato digestivo produciendo fuertes dolores estomacales y diarrea. También puede ocasionar dolores de cabeza y vómitos.
Debido a que no existe evidencia que ratifique que la ruda es totalmente inofensiva para los lactantes, no se recomienda su consumo por mujeres que se encuentren en la etapa de lactancia salvo estricta indicación médica.