Al ser ingerida esta capa que rodea al fruto del ginkgo puede ocasionar problemas estomacales, como lesiones en el tubo digestivo.
Además de los efectos tóxicos de la superficie que envuelve al fruto, no existe evidencia que el consumo de infusiones o preparados de ginkgo, en dosis adecuadas, genere un efecto tóxico en aquellas personas que la consuman.
No existe evidencia que asegure la ingesta de ginkgo en algunas de sus formas de consumo, sin ocasionar problemas en mujeres que se encuentren embarazadas, por lo tanto no se recomienda su consumo, a no ser que sea por expresa indicación médica. Lo mismo ocurre para el caso de lactantes, por lo tanto no se recomienda el consumo de algún preparado de ginkgo a las mujeres que se encuentren en etapa de lactancia, salvo receta médica.