Una de las pocas reacciones adversas que podría ocasionar es la aparición de reacciones alérgicas, producto del consumo de manzanilla o erupciones cutáneas, debido al contacto con la planta, en especial en personas que presenten algún tipo de intolerancia o sensibilidad a la misma.
Debido a que no existe evidencia clara de que la manzanilla resulte totalmente inocua para las mujeres embarazadas, es que no se recomienda su consumo durante esta etapa. Además, el consumo de aceites esenciales de manzanilla en el embarazo podría ocasionar abortos.
Si bien no existen casos de efectos tóxicos provocados por esta planta para los lactantes, tampoco se recomienda consumir preparados en base a manzanilla o aceites esenciales de esta planta, a las mujeres que se encuentren en la etapa de lactancia.