El consumo del jugo de noni en algunas ocasiones, produce malestares estomacales, en ciertos casos con presencia de diarreas. El consumo en dosis elevadas del jugo de noni puede generar flatulencia. Además existen casos de personas que han manifestado alergias cutáneas luego de consumir jugo de noni.
El jugo de Noni posee dentro de su composición una elevada proporción de potasio, por lo cual no se recomienda su consumo a personas que presenten problemas relacionados con los niveles de potasio en el organismo.
Debido a los efectos secundarios que puede tener el jugo de noni y también a que no existe un pleno conocimiento sobre los efectos que pudiera ocasionar en los lactantes o en los que están por nacer, no se recomienda su consumo a las mujeres que se encuentren embarazadas o aquellas que estén en la etapa de lactancia.