El consumo en altas dosis de esta planta puede ocasionar fuertes malestares estomacales, con presencia de diarreas y vómitos. También existen casos en que se ha presentando dolores de cabeza luego de consumir preparados de ruda en altas cantidades. En caso de presentar estos síntomas luego de consumir algún producto o infusión en base a ruda se debe dejar de ingerir inmediatamente. Si los síntomas persisten en el tiempo, lo ideal sería consultar al médico.
La manipulación de la planta de ruda puede ocasionar reacciones alérgicas en la piel, irritaciones y heridas. Sobre todo en aquellas personas que son más sensibles a los aceites esenciales de la misma.