Hasta el momento no se han indicado efectos secundarios o adversos debidos al consumo en dosis adecuadas de la planta del hinojo, por lo tanto no se describen contraindicaciones para el mismo de forma natural.
El aceite esencial de la planta del hinojo posee una alta concentración de estragol y anetol, los cuales pueden ocasionar un efecto parecido al de un narcótico, pudiendo provocar problemas relacionados al aparato respiratorio, también puede ocasionar convulsiones, alucinaciones y anormalidades en los latidos del corazón.
Debido a que el aceite esencial de la planta del hinojo, puede resultar muy peligroso por los efectos adversos que puede ocasionar, no se recomienda ingerir estos concentrados de aceites esenciales a las mujeres que se encuentren embarazadas y tampoco a aquellas que estén en la etapa de lactancia.