La planta de la mejorana posee por otra parte, sustancias flavonoides, a las que se le atribuyen muchas propiedades medicinales, como antioxidantes ya que ayudan a eliminar los radicales libres. Además favorecen el funcionamiento del sistema circulatorio, ayudando a impedir la aparición de trombos. Estas sustancias también han sido definidas como anticancerígenas.
Los aceites esenciales de esta planta poseen también sustancias como el apigenol y luteol. Dentro de la composición de la mejorana se encuentran sustancias llamadas hidroquinonas, las cuales pueden ocasionar efectos hepatotóxicos. Por lo tanto no se recomienda el consumo de aceites esenciales de esta planta a mujeres embarazadas, en etapa de lactancia y a niños menores de 12 años.
Las sustancias que predominan dentro de la composición del aceite esencial de la planta de mejorana son las esencias aromáticas, las cuales están dominadas principalmente por terpenos, terpineno y origanol, este último es aproximadamente el 40% del aceite esencial de la misma.
La planta de la mejorana posee entre sus componentes sustancias tánicas, además de sustancias pentonasas y principios amargos. Se encuentran dentro de la mejorana varias sales minerales pero en baja concentración.
