Hola Olga! Las semillas de lino, también conocidas simplemente como linaza, generalmente se emplean contra problemas como el estreñimiento. Pero, revisando sus contraindicaciones, nos podemos encontrar con que algunas personas que tienen predisposición a padecer de obstrucciones intestinales pueden llegar a ver alterado su tránsito intestinal de forma negativa.
De todas formas, esto es algo que puede suplirse de una manera muy sencilla: consumiendo harina de semillas de lino o simplemente moliéndolas lo más finamente posible. Es que los problemas que tu comentas, generalmente, son causados cuando se consumen enteras. De hecho, hace poco un usuario también nos comentó algo similar en relación a la linaza y el estreñimiento.
Otra alternativa que tienes es mezclarlas con ciruelas o cualquier otra planta para el estreñimiento, así su acción se ve acompañada por otros ingredientes.
Con respecto a si las semillas de lino alteran la flora intestinal, no tenemos constancia de momento que esto así sea.
No dudes en consultar con un especialista si tu problema persiste, ya que quizás tenga que ver con otras cuestiones.